Maksud dan tujuan didirikannya Yayasan PIRI seperti termaktub dalam Anggaran Dasar Yayasan PIRI Pasal 4 " Untuk menegakan kedaulatan Tuhan agar umat manusia di Indonesia mencapai keadaan jiwa (state of mind) atau kehidupan batin (inner life) yang disebut salam (damai) " .

Untuk mewujudkan hal tersebut maka ditempuh dengan mendirikan sekolah - sekolah, dengan berdasarkan Al-Qur'an dan sunnah Nabi, yang bertujuan untuk :

1. Membentuk manusia susila yang berjiwa cinta kasih kepada Allah swt. Dan utusan Nabi Muhammad saw. baik dalam bentuk ketaatan maupun pembelaannya .
2. Membantu warga negara yang demokratis yang berakti kepada Allah swt, bertanggung jawab atas kebahagiaan dan keselamatan lahir batin tanah airnya (AD/ART Pasal 3, ayat 1a dan 1b )

Pada tahun 1960 Kepala Sekolah ditetapkan oleh Bapak Singgih dan sejak itu administrasi sekolah mulai ditertibkan, dan pada tahun 1956 terjadi pergantian Kepala Sekolah dengan jumlah 170 siswa klas I, II, dan III.

Sebagai langkah awal pengembangan maka pada tahun 1967 SMA PIRI menambah ruang kelas yang semi permanen dengan kegiatan belajar pagi. Kemudian pada tahun 1970 jumlah kelas mencapai 14 kelas dengan pengaturan wawktu belajar 7 kelas masuk pagi 7 kelas masuk siang dengan jumlah siswa 400 anak.

Untuk pengembangan sekolah tahun 1980 SMA PIRI dipecah menjadi dua yaitu:

1. SMA PIRI I Bersubsidi Yogyakarta berlokasi dikompleks Baciro dengan Kepala Sekolah Bapak Drs. Harijono.
2. SMA PIRI II Yogyakarta berlokasi di Pugeran dengan Kepala Sekolah Dra. Sri Hartati Sudiyana.

Kemudian pada tahun 1985 tepat pada tanggal 17 Januari 1985, SMA PIRI I Bersubsidi Yogyakarta memperoleh jenjang Akreditasi Disamakan.

Untuk meningkatkan mutu pendidikan mulai tahun 1995 diadakan Program Pengembangan, Program Unggulan, Matrikulasi dan Pembinaan olimpiade.

Jabatan Kepala Sekolah mulai tahun 1947 sampai sekarang :